Pomysłodawcą Polskiej Nagrody Innowacyjności jest Polska Agencja Przedsiębiorczości. Program jest prowadzony przez redakcje: „Biznes Plus” w „Gazecie Wyborczej” i „Forum Przedsiębiorczości”, dodatek do „Dziennika Gazety Prawnej”. Nagrodę otrzymują najbardziej innowacyjne oraz kreatywne uczelnie, instytuty, firmy i instytucje działające w Polsce. To podmioty, których praca badawczo-rozwojowa znajduje zastosowanie w różnych gałęziach gospodarki, przyczyniając się do jej rozwoju.